Fluiten behoren zo ongeveer tot de oudste blaasinstrumenten, gemaakt van bamboe, riet of beenderen deze laatsten zijn al gedateerd tot 20000 jaar voor Christus. De oudste afbeeldingen van fluiten met een blaasrand zijn gevonden op Etruskische schilderingen. De dwarsfluit, hoewel een vaste verschijning in westerse orkesten, is van oorsprong een chinees muziekinstrument dat pas rond 1100 na christus zijn intrede deed in Europa.
In de duitssprekende landen werd de fluit al snel toegepast als militaire fluit. Vandaar ook de oude naam van het instrument, de duitse fluit. Evenals bij de hobo en de fagot heeft de familie Hotteterre invloed gehad in de ontwikkeling van de fluit. De fluit werd in drieën gedeeld, en werd een klep geplaatst. Tevens werden voor de betere bespeling van het instrument een aantal toongaten verplaatst.
Honderd jaar na deze wijzigingen ontwierp de hofmusicus van Frederik de Grote een nieuwe fluit, met meerdere kleppen. Later werd nog meer geëxperimenteerd met het mondstuk, de buis en de toongaten. In de tweede helft van de negentiende eeuw ontwierp Theobald Böhm een kleppensysteem dat ook bij de klarinet wordt toegepast. Hieruit is de huidige fluit ontstaan.
Alhoewel het een metalen instrument is, behoort de fluit tot de groep van houtblazers omdat het instrument van oorsprong uit bukshout werd gemaakt. De houten fluit heeft bij sommige musici nog steeds voorkeur vanwege de zachtere klank. De fluit komt qua lengte ongeveer overeen met de klarinet.
Wel klein is de piccolo, of zoals de orginele italiaanse naam is: flauto piccolo. Zowel de gewone dwarsfluit als de piccolo kunnen ongeveer drie en een half octaaf spelen, de piccolo echter wel een octaaf hoger als de fluit. De piccolo wordt door veel componisten gebruikt om extra kleur in het orkest te brengen.